Die U.S.S. Reliant ist auf der Suche nach einem Planeten ohne Leben, um ein Experiment durchzuführen, das einer Neuschöpfung des Universums gleichkommt. In Alpha Ceti IV glauben die Wissenschaftler, einen geeigneten Planeten gefunden zu haben, doch dann stellt sich heraus, dass es dort doch Leben gibt. Bei der Untersuchung tappt die Mannschaft in eine Falle, und die Reliant fällt in die Hände eines grausamen Despoten, der nur ein Ziel kennt: Rache. Die U.S.S. Enterprise, inzwischen ein Schulschiff unter dem Kommando von Admiral Kirk und Captain Spock, begegnet nichtsahnend ihrem Schwesterschiff Reliant, als dieses aus vollen Rohren zu feuern beginnt. Mit unerfahrenen Leuten auf der Brücke beginnt für Kirk und Spock ein verzweifelter Abwehrkampf gegen einen gnadenlosen Feind.