Nach ihrer ersten Fünfjahresmission wird die Enterprise umgebaut, die Crew-Mitglieder haben neue Aufgaben übernommen, und Captain Kirk wurde zum Admiral befördert. Pavel Chekov hat sich für eine Ausbildung an der Sicherheitsakademie entschieden. Doch unversehens wird er in ein Komplott verstrickt: Er soll den Vorgänger von Dr. McCoy, Dr. Piper, ermordet haben. Als landesweit nach ihm gefahndet wird, muss Chekov untertauchen. Hikaru Sulu testet für die Sternenflotte eine neue Fähre, die mit klingonischer Tarntechnologie ausgestattet ist. Als die Pläne dieses Geheimprojekts gestohlen werden, beginnt eine Hetzjagd auf Kirks alte Crew. Und alle Spuren laufen auf der Enterprise zusammen.