Die U.S.S. Voyager unter dem Befehl von Captain Kathryn Janeway ist in einem relativ unbekannten Gebiet der Galaxis unterwegs auf der Suche nach einem Schiff der Maquis. Als es die Rebellen aufgestöbert hat, werden beide Schiffe mit einer technisch weit überlegenen Zivilisation konfrontiert, die sie in eine ferne Region der Galaxis schleudert, Tausende von Lichtjahren von der Föderation entfernt. Auf sich allein gestellt, muss sich Captain Janeway mit dem ehemaligen Gegener aussöhnen, um gemeinsam den Weg nach Hause zu finden - durch unerforschte Regionen, in denen raumfahrende Völker die Grenzen ihrer Hoheitsgebiete scharf bewachen.