Nach einer fünfjährigen Mission soll die Enterprise generalüberholt werden, die Crew wird in alle Winde zerstreut. Dr. McCoy und Spock nehmen ihren Abschied vom aktiven Dienst, Kirk wird zum Admiral befördert. Seine erste Mission führt ihn zum Planeten Djana. Dort herrscht Bürgerkrieg, und Kirk soll für Frieden sorgen. Um ihren Forderungen Nachdruck zu verleihen, haben die tranditionsbewussten Djani zwei Geiseln genommen, darunter Spocks Vater Sarek.

Unterdessen geschieht auf Vulkan ein beispielloses Verbrechen: Der Adept Sekar entwendet das „Katra“ eines Meisters der Urzeit. Und wenn diese Essenz der alten, grausamen Magie Vulkans in die Hände der Romulaner fällt, beginnt eine neue neue Ära des Terrors in der Galaxis.